Akhirnya, setelah berminggu-minggu berada dalam tekanan dan isolasi, Jammeh menyerah dan meninggalkan Gambia pada 21 Januari 2017. Ia terbang ke Guinea, dan kemudian ke Ekuatorial Guinea, di mana ia mendapat suaka politik.
Ia meninggalkan negaranya dalam keadaan krisis ekonomi dan sosial, serta banyak tuntutan hukum atas pelanggaran hak asasi manusia yang ia lakukan selama berkuasa.
Salah satu tuntutan hukum yang menjerat Jammeh adalah kasus pembunuhan 59 migran Afrika, termasuk 44 orang Ghana, yang ditembak mati oleh pasukan keamanan Gambia pada tahun 2005.
Jammeh diduga memerintahkan pembantaian tersebut karena mengira para migran adalah kudeta yang hendak menggulingkannya. Pada tahun 2018, pemerintah Ghana meminta agar Jammeh diekstradisi dan diadili atas kejahatan tersebut.
Selain itu, Jammeh juga dihadapkan dengan laporan-laporan mengenai penyiksaan, pembunuhan, pemerkosaan, dan penghilangan paksa terhadap para aktivis, wartawan, politisi, dan imam yang berani mengkritik atau menentangnya.
Pada tahun 2019, pemerintah Gambia membentuk Komisi Kebenaran, Rekonsiliasi, dan Reparasi (TRRC) untuk mengungkap dan mengadili pelaku-pelaku pelanggaran hak asasi manusia di era Jammeh.
