Abdul Gani Kasuba menjabat sebagai Wakil Gubernur Maluku Utara periode 2008-2013. Selama masa jabatannya, ia fokus pada bidang pendidikan, kesehatan, dan pemberdayaan masyarakat.
Ia juga berperan aktif dalam menjaga stabilitas keamanan dan kerukunan antarumat beragama di provinsi yang pernah dilanda konflik horizontal tersebut.
Pada tahun 2013, Abdul Gani Kasuba mencalonkan diri sebagai Gubernur Maluku Utara dengan menggandeng Muhammad Natsir Thaib, mantan Bupati Halmahera Tengah.
Pasangan ini diusung oleh koalisi PKS, Partai Demokrat, Partai Amanat Nasional (PAN), dan Partai Kebangkitan Bangsa (PKB).
Meski sempat mengalami gugatan dan penundaan pelantikan akibat sengketa hasil pilkada, akhirnya Abdul Gani Kasuba resmi dilantik sebagai Gubernur Maluku Utara periode 2014-2019 pada 5 Mei 2014 oleh Menteri Dalam Negeri Gamawan Fauzi.
Sebagai gubernur, Abdul Gani Kasuba memiliki visi untuk menjadikan Maluku Utara sebagai provinsi yang maju, mandiri, dan sejahtera. Ia menetapkan lima misi utama, yaitu:
- Meningkatkan kualitas sumber daya manusia (SDM) yang beriman, bertaqwa, berakhlak mulia, cerdas, kreatif, inovatif, dan berdaya saing.
- Meningkatkan kualitas pelayanan publik yang profesional, transparan, akuntabel, dan berkeadilan.
- Meningkatkan pertumbuhan ekonomi yang berkelanjutan, berkeadilan, dan berwawasan lingkungan dengan mengoptimalkan potensi sumber daya alam (SDA) dan sumber daya lokal (SDL).
- Meningkatkan infrastruktur dasar dan konektivitas antarwilayah yang mendukung mobilitas dan aksesibilitas masyarakat.
- Meningkatkan stabilitas keamanan, ketertiban, dan kerukunan sosial dengan mengedepankan nilai-nilai kearifan lokal dan kebhinekaan.
Salah satu program unggulan yang diluncurkan oleh Abdul Gani Kasuba adalah Program Bantuan Stimulan Perumahan Swadaya (BSPS) atau bedah rumah, yang bertujuan untuk meningkatkan kesejahteraan masyarakat miskin dan tidak mampu dengan memberikan bantuan perbaikan rumah yang layak huni.
Program ini mendapat apresiasi dari Presiden Joko Widodo, yang menyebutnya sebagai contoh program yang tepat sasaran dan bermanfaat bagi masyarakat. Hingga tahun 2018, program BSPS telah berhasil membedah sekitar 40.000 rumah di Maluku Utara.
Pada tahun 2018, Abdul Gani Kasuba kembali mencalonkan diri sebagai Gubernur Maluku Utara untuk periode kedua.
Kali ini, ia berpasangan dengan Al Yasin Ali, mantan Bupati Halmahera Tengah, yang diusung oleh koalisi PDI-P dan PKPI.
Meski tidak lagi didukung oleh PKS, partai yang pernah membesarkannya, Abdul Gani Kasuba tetap optimis dan percaya diri.
Pasangan Abdul Gani Kasuba-Al Yasin Ali berhasil memenangkan Pilkada 2018 dengan perolehan suara 42,35 persen, mengalahkan dua pasangan calon lainnya, yaitu Ahmad Hidayat Mus-Ali Ibrahim (28,12 persen) dan Burhan Abdurahman-Henry Sualang (29,53 persen).
Abdul Gani Kasuba resmi dilantik sebagai Gubernur Maluku Utara periode 2019-2024 pada 10 Mei 2019 oleh Menteri Dalam Negeri Tjahjo Kumolo.
Ia berjanji untuk melanjutkan program-program yang telah berjalan dan menciptakan inovasi-inovasi baru untuk memajukan Maluku Utara.