Perjalanan kedua HMS Beagle dimulai pada tanggal 27 Desember 1831 dari Plymouth, Inggris. Kapten kapal adalah Robert FitzRoy, seorang perwira angkatan laut dan ahli meteorologi. Tujuan utama perjalanan ini adalah untuk melanjutkan survei pantai Amerika Selatan yang belum selesai pada perjalanan pertama. Selain itu, perjalanan ini juga bertujuan untuk mengumpulkan data ilmiah tentang geografi, geologi, biologi, antropologi, dan astronomi dari berbagai tempat yang dikunjungi.
Salah satu anggota penting dari perjalanan ini adalah Charles Darwin, seorang lulusan Cambridge yang berusia 22 tahun. Dia diundang oleh FitzRoy untuk bergabung sebagai naturalis atau ahli alam yang bertugas untuk mengamati dan mengumpulkan spesimen flora dan fauna dari berbagai tempat. Darwin juga tertarik untuk melihat daerah tropis sebelum menjadi pendeta, seperti yang diharapkan oleh ayahnya.
Perjalanan ini berlangsung selama hampir lima tahun dan mengelilingi dunia. Selama itu, Darwin menghabiskan sekitar tiga tahun untuk menjelajahi daratan dan hanya dua tahun di atas kapal. Dia mengumpulkan ribuan spesimen tanaman dan hewan, termasuk fosil-fosil purba. Dia juga mencatat pengamatannya tentang geologi, iklim, budaya, dan bahasa dari berbagai tempat yang dikunjungi.
Perjalanan ini memberikan pengaruh besar bagi perkembangan pemikiran ilmiah Darwin. Dia membaca buku Principles of Geology karya Charles Lyell yang menjelaskan bahwa bumi berubah secara lambat dan bertahap akibat proses alamiah. Dia juga menyaksikan variasi spesies-spesies hewan dan tumbuhan dari berbagai tempat yang berbeda-beda.
Dia mulai meragukan teori penciptaan yang menyatakan bahwa semua makhluk hidup diciptakan secara tetap dan tidak berubah. Dia mulai mencari penjelasan alternatif yang dapat menjelaskan keanekaragaman hayati di bumi.
Hasil dari perjalanan ini adalah publikasi berbagai buku dan artikel ilmiah yang ditulis oleh Darwin dan para ahli lain yang menganalisis koleksi spesimennya. Buku yang paling terkenal adalah Journal of Researches karya Darwin, yang kemudian dikenal sebagai The Voyage of the Beagle.
Buku ini merupakan catatan perjalanan Darwin yang ditulis dengan gaya yang menarik dan menghibur. Buku ini mendapat sambutan hangat dari publik dan membuat nama Darwin terkenal sebagai penulis dan ilmuwan.