Di sisi lain, Lukas Enembe juga merupakan tersangka korupsi yang ditangkap oleh KPK pada September 2023. Ia diduga menerima suap dan gratifikasi senilai Rp 26 miliar terkait pengadaan barang dan jasa di lingkungan Pemprov Papua pada 2016-2018.
Lukas Enembe membantah semua tuduhan tersebut dan mengklaim bahwa uang tersebut digunakan untuk kepentingan masyarakat Papua, seperti membantu korban bencana, membayar biaya kesehatan, dan menyelenggarakan acara adat. Ia juga menuding bahwa KPK telah melakukan kriminalisasi terhadap dirinya dan Papua.
Sejak ditahan oleh KPK, kondisi kesehatan Lukas Enembe terus menurun. Ia memiliki riwayat penyakit stroke, diabetes, darah tinggi, jantung, dan ginjal. Ia juga pernah terjatuh di kamar mandi rumah tahanan KPK dan mengalami pendarahan di kepala.
Lukas Enembe meninggal dunia di RSPAD Gatot Soebroto pada 26 Desember 2023. Ia dimakamkan di Koya Tengah, Jayapura, pada 29 Desember 2023, setelah sempat diarak oleh ribuan massa dari Sentani. Namun, prosesi pemakaman tersebut diwarnai oleh kericuhan yang mengakibatkan kerusakan dan korban jiwa.
Banyak masyarakat Papua, terutama dari wilayah pegunungan, yang percaya bahwa Lukas Enembe dibunuh oleh KPK.
Mereka menganggap bahwa KPK telah melakukan penzaliman terhadap Lukas Enembe dan Papua. Mereka juga merasa kehilangan sosok pemimpin yang peduli dan berprestasi.
Papua, Wilayah yang Kaya Tetapi Miskin dan Tertindas