PBNU, sebagai organisasi Islam terbesar di Indonesia yang didirikan oleh para ulama, mengeluarkan pernyataan resmi yang menyerukan agar semua pihak menghentikan perdebatan dan polemik tentang nasab Baalawi, karena hal itu tidak bermanfaat dan hanya akan menimbulkan fitnah dan permusuhan di antara umat Islam.
PBNU juga mengajak semua pihak untuk saling menghormati dan menghargai perbedaan pendapat dan pandangan, serta untuk bersatu dan bersama-sama menjaga persatuan dan kesatuan umat Islam.
Rabithah Alawiyah, sebagai organisasi yang mewadahi dan mewakili para habib Baalawi di Indonesia, juga mengeluarkan pernyataan resmi yang menanggapi dan membantah berbagai tuduhan dan kritikan yang ditujukan kepada buku KH Imaduddin Al Bantani dan para habib Baalawi. Rabithah Alawiyah menegaskan bahwa buku tersebut adalah karya tidak yang tidak ilmiah.
Dari berbagai tanggapan dan pernyataan yang ada, dapat dilihat bahwa kontroversi KH Imaduddin Al Bantani dalam kajian nasab Baalawi adalah sebuah fenomena yang menarik dan penting untuk dikaji lebih lanjut.
Kontroversi ini tidak hanya berkaitan dengan sejarah dan silsilah, tetapi juga dengan aspek-aspek sosial, budaya, politik, dan agama yang ada di masyarakat Indonesia.
Kontroversi ini juga menunjukkan bahwa masih ada perbedaan dan ketidaksepahaman di antara umat Islam, yang dapat berpotensi menimbulkan konflik dan perpecahan.
Oleh karena itu, diperlukan sikap dan upaya yang bijak dan arif dari semua pihak, agar kontroversi ini dapat diselesaikan dengan damai dan adil, serta tidak merugikan kepentingan dan kemaslahatan umat Islam.